19世纪中叶，达尔文发现了生物的“生命线”，创立了生物合成技术，世界的格局由此悄悄改变。德奥同盟国组成机械主义阵营，投身钢铁机甲；英法俄协约国组成达尔文主义阵营，醉心合成巨兽。1914年，世界大战爆发在即，奥匈帝国的亚历山大王子在大公遇刺后逃离祖国，身边只有几位忠臣和一台机甲为伴 。与此同时，苏格兰平民女孩德琳·夏普女扮男装…

一个名为白云斋的棺材铺，都说只要和它有关的人，都会五弊三缺。镇子上连续发生怪事儿，先是刘麻子被井中水鬼夺命，后是杀猪匠被阴差勾了魂后，竟将全家杀害。事情诡异离奇，云游山人马三爷决定来到白云斋抓鬼驱邪。

天赋异禀的灵宠师樊凌霄，于甲级门派晋升赛上遭人暗算，被自己的灵鲲所吞噬。睁眼醒来却发现自己已化身为一名叫“流锋芒”的少年，身处白府大牢之中，其门派凌霄阁也走到了绝境。为查明灵鲲反噬真相与重振门派，樊凌霄带着现有的几只灵宠，与谷灵、程曦、月彤，一起踏上了全新的冒险之旅。

「…終わった…これでやっと…やっと」　　魔族が仕掛けた大規模な戦争「大侵攻」によって、人族が滅亡寸前にまで追い込まれた世界。　　戦乱の中で青年?カイルは、かけがえのない存在と故郷を失う。　　復讐のため、魔法剣士として立ち上がった彼は、激戦の末に魔王討伐を果たすのだが…　　勝利の代償はあまりにも大きく、瀕死の重傷を負った…