主人公游城十代在前往决斗学院的入学考试途中，与传说的决斗者武藤游戏相遇，并接受了武藤游戏的一张卡片。但是十代最终迟到并错过了考试。为此十代恳求克洛诺斯教授让他通过考试，并由此展开了决斗者之路。

全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。　　拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。　　“从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。　　在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！

虽然出身于历史上最著名的犬神使家族，但川平启太（福山润 配音）似乎并没有继承祖先接触的御神能力，甚至因为能力平庸而被逐出了家门。所以，当犬神阳子（堀江由衣 配音）出现在他的面前，并且愿意和他签下契约的时候，启太想也没想就同意了。没想到，阳子是犬神中的另类分子，异常暴躁又容易暴走的性格和启太的不学无术和自暴自弃倒是十分的匹…

2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首…

母亲要杀他,这个冲击让伊达京介觉醒潜在能力。在京介觉得失意时,岬真夜这个让人忍不住关怀的女子出现在他面前。两人关系越来越密切此时,迷的突变体军团「hospitaru」(ホスピタル)和巨大企业「桐原体」的战斗机器人军团突然向他们攻击,为的是京介的双胞胎妹妹 琉奈为了保护妹妹和她的分身京介使用变身能力奋战着......

以美女神官梅莉莎和盗贼米蕾儿和女战士吉妮组成的冒险队伍在野外的废墟中寻找遗迹及宝藏，但是苦于队伍中缺少魔法师而有诸多不便，于是她们到魔法学院所在的欧帆城寻找能够一起冒险的魔法师伙伴，然而，能够并且愿意随行的只有被米蕾儿称为变态和与吉妮在大街上抢着打架的——龙威。这种魔法师根本无法让人信服，于是她们就拒绝了龙威。正当梅莉…

或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通…