经历了多次战争的人类，将大量科技封印。主人与超能力少女——乙HiME的契约模式，成为了各国保护自己的唯一选择。　　梦想成为乙HiME的少女西弗露•弗兰在列车上被绑架了。黑夜男子布鲁斯•瓦尔斯与仆人莱娜•尤奈妮亚将少女从恐怖分子手中救下。解救任务的成功，全拜乙HiME的参与所赐。但是，这片刻的和平没有维持多久。恐怖分子组织着下一次绑…

在世界各地旅行并收购贩卖物品的旅行商人克拉福•劳伦斯在经过正在庆祝收获节的帕斯罗村后离开，却在自己堆满麦束的货车上发现了正在睡觉的少女。少女有狼的耳朵和尾巴，更有美丽的脸庞，她自报家门称自己是掌管丰收的狼神“赫萝”。　　虽然对这样的介绍半信半疑，但在赫萝的花言巧语之下，劳伦斯答应带赫萝回到遥远的北方故乡，就这样二人展开…

公元2067年，以银河系边境的星系为中心，丧失自我而狂暴化、极尽破坏之能事的“Var”症候群，正在逐渐扩大。察觉事态严重性的星间复合企业体，为了将这一症状镇静化，将少女们的“战术音乐组合Walküre”与执行共同作战的“Valkyrie部队”编成到一起。　　另一方面，“风之王国”的被称作“空中骑士团”的“谜之Valkyrie部队”开始行动。在“…

以主人公安久为轴，描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类，借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题，终于迎来了和平的理想乡。然而，作为皇国第一皇女的安久丽莎，却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵，并被派遣到偏僻的岛屿上，同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”，共同对抗入侵而至的巨大攻…

动画第2季《Fatekaleid liner》（魔法少女伊莉雅2wei）将是漫画版《Fatekaleid liner魔法少女伊莉雅2wei》的内容，紧接第一季，继续讲述自回收卡片作战过后数周以来，伊莉雅重返过去的日常生活。然而，既然已经当过魔法少女，麻烦就会如影随形！这次她竟然是被无预警出现的另一个自己追杀!魔法恐怖(？)故事。第2幕堂堂开演！