从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。　　在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。　　吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。

以海贼王为目标的少年蒙奇·D·路飞，将索隆、娜美、乌索普、山治、乔巴、以及Nico·罗宾加入了新的伙伴，继续航行。这时，在他们身边，巨大的船从天空落下。路飞们避开掉落的船，得救了。在令人吃惊的他们的身边被风吹到的“星巴邦”的地图，那是对天空之地“空岛”的地图。但是，突然天空突然出现了一个巨人的影子。摸索到空岛的路飞们在杰亚…