神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。

　　转学生云风刚来到新校园，就被一辆从天而降的玩具车砸中。 因为这次“意外”，云风认识了邻居炎辉，也认识了智慧战车。智慧战车是痴迷轨道车的郎教授发明的，百度影音城中富商金老板一直想窃为己有获取利益。在马叔叔的帮助下，云风展示了超强的学习能力，与新朋友天翔和炎辉一起赢得了比赛胜利，没有让金老板的计谋得逞。

天眼星球的暑假又到了，全校最让人头疼的学生天眼神兔不愿补课，溜到地球来度假。悄悄尾随神兔而来的还有天眼星臭名昭著的金狐。金狐一心想成为十二神兽中的一员。但他人品太差，因此屡屡落选。此番天眼神兔落单在外，便认为这是一个千载难逢的机会，要吃掉神兔，吸取它身上的法力，跻身神兽排行榜。天眼神兔胆子很小，偏偏又喜欢惹是生非。每天…