故事讲述了被分到问题学生云集的D班的绫小路清隆和他的同学们在学校里挣扎求生的故事。在TV动画第四季《欢迎来到实力至上主义教室 第四季：二年级第一学期》中，春假过后，绫小路和轻井泽成为了情侣，而堀北也不再崇拜她才华横溢的哥哥岳。随着他们关系的逐渐变化，他们也升入了二年级。绫小路和其他二年级新生即将迎来他们的第一场特殊考试——…

一半是人，一半是猩猩的新英雄！　　猩猩人和恐怖分子展開激烈衝突！！　　恐怖組織「動物解放同盟（ALA）」攻擊生物科學研究所時，　　救了懷孕的黑猩猩，這隻黑猩猩產下了半人半猩猩的「猩猩人」查理。　　15年後，查理在人類雙親的扶養下，進入高中就讀，認識了人類女孩露西。　　另一方面，ALA的所作所為越來越激烈，甚至計畫要查理加入他們…